数週間の間に、私たちは皆、COVID-19とそれを引き起こすコロナウイルスSARS-CoV-2について多くのことを学びました。 このウイルスに関する科学記事の数は増えていますが、その起源に関してはまだ多くの灰色の領域があります。
どの種の動物で発生しましたか？ コウモリ、パンゴリン、または他の野生種？ 彼はどこから来たのですか？ 中国のフーベイ県の洞窟や森からですか、それとも他の場所からですか？
2019年12月、入院した最初の41人のうち27人(66％)が、フーベイ県のウーハンのダウンタウンにある市場に参加しました。 しかし、ウーハン病院の調査によると、最初に特定された患者はこの市場を訪れませんでした。
代わりに、SARS-CoV-2のゲノム配列に基づく分子年代測定の推定値は、11月のウイルスの出現を示しています。 これは、このCOVID-19の流行と野生生物との関連について疑問を投げかけます。
ゲノムデータ。
SARS-CoV-2ゲノムは、中国の研究者によって迅速に配列決定されました。 これは約30,000塩基のRNA分子であり、ウイルスエンベロープの表面にあるタンパク質をコードするS遺伝子を含む15の遺伝子を含みます(比較すると、私たちのゲノムは約30億塩基のサイズのDNA二重らせんの形であり、 約30,000遺伝子)。
比較ゲノム分析により、SARS-CoV-2はベータコロナウイルスのグループに属し、2002年11月に中国の広東省で発生し、その後29か国に広がった急性肺炎の流行の原因であるSARS-CoVに非常に近いことが示されました。 2003年。
774人の死亡を含む合計8098件の症例が登録されました。 それはRhinolophus属のコウモリによって運ばれたことが知られており、小さな捕食者であるヤシのシベット(Paguma larvata)が、コウモリと初期の人間の症例の間の中間宿主として働いた可能性があります。
それ以来、多くのベータコロナウイルスが主にコウモリだけでなく、人間にも見られます。 たとえば、中国のユナン州でRhinolophus affinis種のコウモリから分離されたRaTG13は、最近、SARS-CoV-2と非常によく似ており、ゲノム配列は96％と同じであると説明されています。
これらの結果は、コウモリ、特にRhinolophus属の種が、SARS-CoVおよびSARS-CoV-2ウイルスの貯蔵庫であることを示しています。
貯水池は、ウイルスの影響をあまり受けない1つまたは複数の動物種であり、1つまたは複数のウイルスを自然に収容します。
病気の症状がないのは、彼らの免疫システムの有効性によるものであり、それは彼らがウイルスの過剰な広がりと戦うことを可能にします。
再結合メカニズム。
2020年2月7日、パンゴリンはSARS-CoV-2にさらに近いウイルスを持っていることがわかった。 99％のゲノムマッチングにより、コウモリよりもベクターの可能性が高いことが示唆されました。
最近の研究によると、マレーシアのパンゴリン(Manis javanica)から分離されたコロナウイルスのゲノムはSARS-Cov-2とあまり類似しておらず、ゲノムの一貫性はわずか90％です。 これは、パンゴリンから分離されたウイルスが、現在猛威を振るっているCOVID-19の流行の原因ではないことを示しています。
ただし、パンゴリンから分離されたコロナウイルスは、Sタンパク質の特定の領域で99％類似しています。これは、ウイルスがヒト細胞に侵入して感染することを可能にするACE(アンギオテンシン変換酵素2)受容体結合ドメインに関与する74アミノ酸に対応します。
対照的に、R。affinisコウモリから分離されたRaTG13ウイルスは、この特定の領域では非常に異なります(77％の類似性のみ)。 これは、パンゴリンから分離されたコロナウイルスがヒト細胞に侵入できるのに対し、R。アフィニスバットから分離されたコロナウイルスは侵入できないことを意味します。
さらに、これらのゲノム比較は、SARS-Cov-2ウイルスが、RaTG13に近いウイルスとパンゴリンウイルスに近い2つの異なるウイルス間の組換えの結果であることを示しています。 言い換えれば、それは2つの既存のウイルス間の「キメラ」です。
この再結合メカニズムは、SARS-CoVの起源を説明するために、すでに研究されています。 組換えにより、新しい宿主種に感染する可能性のある新しいウイルスが生じることを知っておくことが重要です。
組換えが起こるためには、2つの異なるウイルスが同じ生物に同時に感染する必要がありました。
2つの質問は未解決のままです：この組換えはどの生物で起こったのですか？ (コウモリ、トカゲまたは他の種？)そして、まず第一に、この再結合はどのような条件下で起こりましたか？
アレクサンダーカサニン、システム研究所、進化、生物多様性(CNRS、MNHN、SU、EPHE、UA)、国立自然史博物館(MNHN)。
TheConversationが発行した記事。
出典：写真：(xia yuan / Getty Images)
